תכנית הלימודים בביואינפורמטיקה נמשכת 3 שנים ומורכבת מקורסים במספר תחומים:
לימודי יסוד: חשבון אינפיניטסימאלי 1 ו-2, אלגברה ליניארית א' וב', משוואות דיפרנציאליות, מבוא לשיטות נומריות בביו אינפורמטיקה.
כימיה: כימיה כללית, כימיה פיסיקלית, כימיה אורגנית א' וב', מבוא לקשר הכימי.
ביולוגיה: ביולוגיה של התא, גנטיקה קלאסית, ביולוגיה מולקולרית א', ביולוגיה מערכתית, מבוא לביולוגיה, ביוכימיה, מעבדה בביוכימיה.
פיסיקה: פיסיקה לביו אינפורמטיקה א' וב'.
עקרונות מדעי המחשב: מבוא למדעי המחשב, מבנה נתונים, ניתוח אלגוריתמים, תכנות מונחה עצמים, סדנא ב – JAVA, סדנא ב ++C, הנדסת מערכות חלונות.
מערכות: בסיסי נתונים בביו אינפורמטיקה, ניתוח מערכות ממוחשבות.
ביו אינפורמטיקה: ביו-סטטיסטיקה א, ביו-סטטיסטיקה ב' – מודלים סטטיסטיים בביו אינפורמטיקה, מבוא לביו אינפורמטיקה, ביו אינפורמטיקה מבנית, מבוא למערכות לומדות, שיטות ריצוף מתקדמות (ביולוגיה מולקולארית ב'), מידול מולקולרי, תכנון לוגי של תרופות, מיני פרויקט בביו אינפורמטיקה.
כמו כן, יש אפשרות לבצע פרויקט גמר בביו אינפורמטיקה כבחירה. הפרויקט מתבצע לרוב בשיתוף עם חוקרים במרכזים אקדמיים ותעשייתיים.
התכנית כוללת 130 נ"ז: 120 נ"ז חובה מתוכם 48 נ"ז קורסי יסוד במתמטיקה ובמדעי המחשב, 72 נ"ז מתחום מדעי החיים/ ביו אינפורמטיקה ו-10 נ"ז בחירה מתחום מדעי המחשב ומדעים.